云南农业大学环境科学与工程学科始于20世纪90年代农学院农业环境保护教研组，1990年开始农业环境保护专科招生，2000年开始环境科学专业本科招生，2004年开始招收环境科学硕士研究生，2011年由云南省教育厅批准列为云南省省级优势学科，是云南省“农业生物多样性利用与保护”优势特色重点学科群的重要学科之一，有云南省农田无公害生产省创新团队、云南省农业环境保护教学团队、云南省农业环境与污染控制研究生导师团队。建有环境科学(学硕)、环境工程(学硕)、资源与环境(专硕)3个硕士点，生态学(云南省一流本科专业)、环境科学与工程2个本科专业。

经过几代人努力，学科形成了以下优势及特色：（1）高原农业环境生态研究：研究了水稻-稻瘟病菌互作体系对UV-B辐射增强的响应，水杨酸等防护剂对作物UV-B辐射响应敏感性的生理生态调控，构建植物生理生态对增强的UV-B辐射的响应及分子机理，获得省自然科学二等奖和三等奖等奖励。（2）土壤重金属污染生态修复研究：筛选了低累积玉米品种和超富集植物，研发植物修复、原位钝化、间作修复、替代种植等技术，在兰坪县完成了千亩污染农田的修复工程示范，获得省自然科学三等奖等奖励。（3）农业面源污染控制研究：研发了面山区植物群落快速重建、源近流短山地水源涵养与清水产流、稻田系统零排放等关键技术，在滇池流域完成了万亩农田的工程示范，获得省科技进步一等奖、三等奖等奖励。

学科建有农田土壤污染防控与修复技术国家工程实验室(参加单位)、西南土壤重金属污染控制与修复协同创新中心(共建)、云南省农业环境污染控制与生态修复工程实验室、云南省环境科学与工程创新人才培养基地、农业农村部大理农业环境科学观测实验站(共建)、云南省吴龙华专家工作站、云南省高校农业面源污染控制工程研究中心、生态环境研究所。

学科现有教师25人。其中，教授(正高工)8人、副教授(高级实验师)10人；博士生导师4人、硕士生导师15人，20人具有博士学位。有国家百千万工程人才1人、国务院政府特殊津贴专家1人、云南省中青年学术和技术带头人3人及后备人才2人、云南省教学名师1人、霍英东教育基金会高校青年教师奖1人、云南省兴滇英才支持计划青年人才6人、云南省高校卓越青年教师1人。建有国家级一流本科课程《环境生态学》，云南省优质研究生课程《污染生态学》《环境生态与生态恢复》，云南省专业学位研究生教学案例库《高级环境工程学》等质量工程项目。

近年来，学科与比利时列日大学、英国伍夫汉顿大学、中国科学院南京土壤研究所、农业部环境保护科研监测所、中国地质调查局昆明自然资源综合调查中心、云南大学等单位，有紧密的合作交流。在高原农业环境生态、农业面源污染控制、农田土壤重金属污染修复、农村环境综合整治等研究方向上，主持国家支撑计划课题、国家水专项子课题、NSFC-云南联合基金、生态环境部耕地污染治理、省重点研发、国家基金等项目20多项，科研经费1100多万元，人均经费60余万元。出版专著10余部，获省部级科技奖励8项。