云南农业大学农业资源与环境学科始于1958年20世纪50年代昆明农林学院土壤农业化学教研组，1997年开始招收植物营养学硕士研究生，2004年开始招收土壤学硕士研究生，2006年获农业资源利用一级学科建设，2021年获农业资源与环境一级学科博士学位授权点。2001年植物营养学成为云南省重点学科，2010年农业资源与环境一级学科成为云南省重点学科，2016年成为省一流高原A类学科，2022年成为云南省一流建设学科，是云南省“农业生物多样性利用与保护”重点学科群重要组成学科。目前一级学科下设土壤学（硕士、博士）、植物营养学（硕士、博士）、农业环境保护（硕士、博士）、土地资源利用与保护（硕士）、农业资源环境与区域绿色发展（博士）5个二级学科，1个专业硕士学科。

经过几代人的努力，学科针对高原山地土壤资源可持续利用、高原特色农业发展和生态环境保护等国家和区域重大需求，开展土肥水资源质量调控机理及其高效利用技术研究，形成如下特色优势：（1）在山地土壤肥力培育方面，针对云南耕地以山地为主、水土流失严重等突出问题，开展了土壤健康和中低产田土壤改良研究，形成了高原坡耕地水土流失阻控与土壤生物培肥技术；（2）在高原特色作物营养调控与病害控制方面，针对生产中土传病害普遍等突出问题，开展了土传病害发生的根际微生物学机制及营养调控研究，形成了间套作资源高效利用、高原特色作物养分管理技术；（3）在高原农业环境保护与生态修复方面，针对土壤重金属污染、高原湖泊水体富营养化等突出问题，开展了土壤污染修复与安全利用、农田养分流失与环境阈值、有机固体废弃物肥料化利用的研究，形成了重金属污染农田生态修复、农业面源污染控制和有机废弃物高值化利用等农业绿色发展技术；（4）针对农业区域绿色发展理论和政策，聚焦云南高原农业产业高质量发展，研究农业资源可持续利用、高原湖泊保护治理与农业绿色发展，在林草资源保护和生态补偿等农业资源环境与区域绿色发展的理论与政策形成支撑。

学科建有农业农村部云南耕地保育科学观测实验站、云南省土壤培肥与污染修复工程实验室等科研平台9个，协同建有农业生物多样性应用技术国家工程研究中心、云南生物资源保护与利用国家重点实验室等国家级平台3个。联合共建农业农村部西南有机循环工程中心重点实验室，与中国农业大学、大理州人民政府共建的洱海流域农业绿色发展研究院成为2022年云南省新型研发机构培育对象（成长型），入选2022年全国文化科技卫生“三下乡”活动优秀团队。

学科现有专任教师52人，90%具博士学位，其中省部级人才14人，教授23人，博士生导师22人，硕士生导师35人。有云南省土壤资源利用与保护等创新团队3个、省研究生导师团队2个，省优质课程3门，省研究生教学案例库建设2门，建设科技小院10余个，利用科技小院模式培养资源利用与植物保护专硕研究生占30%以上。

近年来，主持国家重点研发项目1项，获国家重点研发项目一级课题、国家自然科学基金、云南省重大科技专项等国家和省部级项目60余项，合同研究经费近1亿元，荣获省部级一等奖、二等奖、三等奖等系列科研奖励16项，发表学术论文1000余篇，其中SCI 200余篇，EI 100余篇，中文核心700余篇，出版专著10部，获国家授权发明专利30余项、实用新型40余项。在间作养分高效利用、坡耕地水土保持、农田土壤污染与修复、湖泊面源污染防控等方面取得系列理论创新，研发并推广间套作高产高效养分管理、高原特色农业系列专用肥开发与应用、绿色智能肥料、农业废弃物肥料化利用等系列新技术40项，产生经济效益26.88亿元。